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一般配合力与特殊配合的高效测定技巧:R语言实现

为啥同样的玉米自交系,张三配李四亩产破千,王五配赵六就蔫了吧唧?为啥老农民总说"好种得看祖宗八代"?今天咱们就用R语言扒开配合力的底裤,让你从田间到代码全流程玩转遗传密码!

??一、先整明白三个烧脑概念??

  1. ??啥叫一般配合力(GCA)???
    就像曹操娶了十个老婆生的娃个个聪明(基因加性效应),这种"百搭属性"就是GCA。计算起来贼简单:
    GCA = 自交系后代均值 - 全体均值
    正数越大越抢手,负数趁早淘汰别犹豫!

  2. ??特殊配合力(SCA)咋算???
    好比曹丕和甄宓生的曹叡特别牛(基因显性效应),这就是特定CP的SCA。公式长这样:
    SCA = 实际值 - (GCA1 + GCA2)
    这玩意儿专治"父母普通娃逆天"的玄学现象。

  3. ??遗传力是啥玩意???
    简单说就是优势能传几代。有个经验值:

  • 广义遗传力>0.5:赶紧申请品种权
  • 狭义遗传力<0.3:趁早换材料别死磕

??二、R语言实操四步走??
手把手教你用老王农科院的玉米数据开整:

??第一步:数据整备??

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# 读取NCII试验数据
dat <- read.csv("玉米测交数据.csv")
# 把亲本转成因子(新手必踩的坑!)
dat$P1 <- as.factor(dat$P1)  # 父本
dat$P2 <- as.factor(dat$P2)  # 母本

??第二步:模型构建??
用??sommer包??比相亲网站还智能:

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library(sommer)
mod <- mmer(yield ~ Block, 
           random = ~ P1 + P2 + Fam, 
           data = dat)

??第三步:提取配合力??

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# 一般配合力(父本)
gca_papa <- mod$U$P1  
# 一般配合力(母本) 
gca_mama <- mod$U$P2
# 特殊配合力(CP值)
sca_love <- mod$U$Fam

??第四步:结果可视化??
搞个表格秒懂谁是真爱:

父本母本GCA父GCA母SCA亩产预测
A系测验1+3.2+1.5+5.8920kg
B系测验2-2.1+0.7-3.2650kg

??敲黑板??:SCA>GCA的组合才是潜力股,遇到赶紧登记结婚(杂交)!


??三、灵魂拷问现场??
??Q:早代材料测不准还测个锤子???
去年用S1代测出个"天选之种",结果到S3代现原形。但就像高考模考,早代测能省3年时间,测10个留2个就值回票价。

??Q:测验种选外地的行不行???
隔壁老李用墨西哥测验种,结果玉米水土不服直接绝收。现在都用本地推广前三的品种当评委,数据靠谱多了。

??Q:AI能代替下地干活吗???
去年试过神经网络预测,准确率72%。老王吐槽:"AI能看出玉米谈恋爱时的微表情?"


??四、小编的血泪经验??
第一次用R算配合力时,把Block当随机效应被导师骂成狗——原来区组效应要当固定效应!现在学乖了,代码模板存手机随时查。还有个坑:数据里有缺失值别硬算,用na.omit()先清场,不然结果能偏到姥姥家。

说到底,配合力测定就是个"代码+汗水"的活。R语言再牛也得下田验货,你看那些年我晒黑的胳膊,比啥算法都实在!下次见着田里插满彩色小旗的玉米地,记得那不是在搞艺术展,是码农...啊不,育种人在给玉米办"非诚勿扰"!

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