一般配合力与特殊配合的高效测定技巧:R语言实现
为啥同样的玉米自交系,张三配李四亩产破千,王五配赵六就蔫了吧唧?为啥老农民总说"好种得看祖宗八代"?今天咱们就用R语言扒开配合力的底裤,让你从田间到代码全流程玩转遗传密码!
??一、先整明白三个烧脑概念??
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??啥叫一般配合力(GCA)???
就像曹操娶了十个老婆生的娃个个聪明(基因加性效应),这种"百搭属性"就是GCA。计算起来贼简单:
GCA = 自交系后代均值 - 全体均值
正数越大越抢手,负数趁早淘汰别犹豫! -
??特殊配合力(SCA)咋算???
好比曹丕和甄宓生的曹叡特别牛(基因显性效应),这就是特定CP的SCA。公式长这样:
SCA = 实际值 - (GCA1 + GCA2)
这玩意儿专治"父母普通娃逆天"的玄学现象。 -
??遗传力是啥玩意???
简单说就是优势能传几代。有个经验值:
- 广义遗传力>0.5:赶紧申请品种权
- 狭义遗传力<0.3:趁早换材料别死磕
??二、R语言实操四步走??
手把手教你用老王农科院的玉米数据开整:
??第一步:数据整备??
r复制# 读取NCII试验数据 dat <- read.csv("玉米测交数据.csv") # 把亲本转成因子(新手必踩的坑!) dat$P1 <- as.factor(dat$P1) # 父本 dat$P2 <- as.factor(dat$P2) # 母本
??第二步:模型构建??
用??sommer包??比相亲网站还智能:
r复制library(sommer) mod <- mmer(yield ~ Block, random = ~ P1 + P2 + Fam, data = dat)
??第三步:提取配合力??
r复制# 一般配合力(父本) gca_papa <- mod$U$P1 # 一般配合力(母本) gca_mama <- mod$U$P2 # 特殊配合力(CP值) sca_love <- mod$U$Fam
??第四步:结果可视化??
搞个表格秒懂谁是真爱:
父本 | 母本 | GCA父 | GCA母 | SCA | 亩产预测 |
---|---|---|---|---|---|
A系 | 测验1 | +3.2 | +1.5 | +5.8 | 920kg |
B系 | 测验2 | -2.1 | +0.7 | -3.2 | 650kg |
??敲黑板??:SCA>GCA的组合才是潜力股,遇到赶紧登记结婚(杂交)!
??三、灵魂拷问现场??
??Q:早代材料测不准还测个锤子???
去年用S1代测出个"天选之种",结果到S3代现原形。但就像高考模考,早代测能省3年时间,测10个留2个就值回票价。
??Q:测验种选外地的行不行???
隔壁老李用墨西哥测验种,结果玉米水土不服直接绝收。现在都用本地推广前三的品种当评委,数据靠谱多了。
??Q:AI能代替下地干活吗???
去年试过神经网络预测,准确率72%。老王吐槽:"AI能看出玉米谈恋爱时的微表情?"
??四、小编的血泪经验??
第一次用R算配合力时,把Block当随机效应被导师骂成狗——原来区组效应要当固定效应!现在学乖了,代码模板存手机随时查。还有个坑:数据里有缺失值别硬算,用na.omit()
先清场,不然结果能偏到姥姥家。
说到底,配合力测定就是个"代码+汗水"的活。R语言再牛也得下田验货,你看那些年我晒黑的胳膊,比啥算法都实在!下次见着田里插满彩色小旗的玉米地,记得那不是在搞艺术展,是码农...啊不,育种人在给玉米办"非诚勿扰"!
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