1. 主页 > 好文章

微生物群落丰富度测定指南:3种主流实验方法对比

嘿朋友!想知道你喝的酸奶里到底有多少种微生物?或者好奇自家花盆土壤藏着多少看不见的小生命?今天咱们就来唠唠这个事儿,保准让你听完能跟实验室的小伙伴聊上几句专业嗑!

方法一:传统培养法(老祖宗的方法升级版)

??核心装备??:培养皿+培养基+恒温箱
??适合人群??:刚入门的实验室萌新
??操作口诀??:

  1. 取样本(比如1克土壤)用无菌生理盐水稀释10倍、100倍、1000倍
  2. 涂布在特定培养基上(要养细菌选LB培养基,真菌用PDA培养基)
  3. 恒温培养24-48小时后数菌落
    ??优点??:便宜!肉眼可见!培养皿里长出彩虹色菌落的时候超有成就感
    ??缺点??:只能检测到约1%的微生物,就像用渔网捞鱼,网眼太大漏掉好多

??新手必看??:培养基选错等于请客吃饭上错菜!做肠道微生物别傻乎乎用普通培养基,记得加胆汁盐和维生素K


方法二:高通量测序(土豪实验室的最爱)

??核心装备??:DNA提取试剂盒+测序仪
??关键步骤??:

  • 提取样本总DNA(注意别手抖把样本弄丢了)
  • PCR扩增16S rRNA基因(细菌)或ITS区域(真菌)
  • 上机测序后分析OTU数量(相当于给微生物发身份证)
    ??优点??:能检出90%以上微生物,连"社恐"微生物都逃不过
    ??缺点??:贵到肉疼!做个实验够买100杯奶茶,数据量大到电脑卡死

??血泪教训??:上次隔壁实验室小王没做好样本灭活,测序结果里混入操作人员的手部菌群,闹出人菌不分的笑话


方法三:实时荧光定量PCR(精打细算派首选)

??神奇道具??:荧光探针+特异性引物
??操作秘籍??:

  1. 设计目标菌群的专属引物(相当于给微生物定制钥匙)
  2. 反应体系里荧光信号达到阈值时记下循环数(Ct值)
  3. 用标准曲线推算原始菌群数量
    ??优势??:精准狙击特定菌群,检测限低至1个拷贝数
    ??坑点??:设计引物比找对象还难,经常遇到非特异性结合

??冷知识??:现在有种万能引物套装,能覆盖80%常见菌群,简直是手残党的福音!


方法对比大擂台

? ? ? ? ? ? ?培养法高通量测序qPCR?
检测范围 ? ? ?1% ? ?90%+ ? ? ?指定目标
实验周期 ? ? ?3天? ?2周 ? ? ?1天 ?
设备要求 ? ? ?低 ? ?极高 ? ? ?中? ?
数据解读难度 ?幼儿园博士级 ? ?高中生
单样本成本 ? ?50元 ?2000元+ ?300元

个人碎碎念

要我说啊,选方法就跟选衣服一个道理:

  • 刚入门的小白建议从??培养法??开始,毕竟眼见为实嘛
  • 想搞大新闻的选??高通量测序??,虽然烧钱但数据发论文够唬人
  • 日常监测用??qPCR??最划算,就像买菜时用的电子秤又快又准

最后提醒各位:做微生物实验千万别有洁癖!那些看着恶心的样本往往藏着最有趣的发现。还记得我第一次分离到产蓝色色素的菌株时,兴奋得差点把培养基当果冻吃了(当然最后被导师骂惨了)...

本文由嘻道妙招独家原创,未经允许,严禁转载