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如何避开三大样本DNA提取陷阱?这份避坑指南助你省50%试剂成本

各位实验室萌新注意了!上周隔壁组小王提取植物DNA,结果跑胶时发现条带像心电图似的忽上忽下。其实不同样本处理有隐藏开关,今天就拿血液、植物、细菌这三个老大难开刀,手把手教你们避开那些手册上不会写的坑。

??▍血液样本:抗凝剂选择直接决定成败??
刚抽的EDTA抗凝血别急着冻存,先记住这个公式:200μl血液+400μl裂解液是最佳配比。重点来了:裂解时间必须控制在12-15分钟,超过20分钟血红蛋白就会疯狂结合DNA。遇到过提取的DNA发红吗?那是红细胞没裂解完全,记得补加0.1% Triton X-100。

常见翻车现场:

  • 冻存血直接提取?冰晶早把DNA切碎了
  • 用肝素钠抗凝?等着看PCR完全没扩增吧
  • 省掉蛋白酶K?RNA酶分分钟教你做人

??▍植物样本:多糖多酚攻坚战??
刚摘的嫩叶比老叶子难处理你敢信?秘密在于次生代谢物含量。研磨前用液氮速冻都是基础操作,关键是要在裂解液里加2%PVP(聚乙烯吡咯烷酮)。有次我用杨树皮做实验,常规方法得率0.02μg/mg,改良后直接飙升到1.5μg/mg。

独家配方大公开:
CTAB裂解液配比:

  • 2% CTAB
  • 1.4M NaCl
  • 20mM EDTA
  • 100mM Tris-HCl(pH8.0)
  • 临用前加0.2% β-巯基乙醇

??▍细菌样本:破壁就像拆盲盒??
革兰氏阳性菌和阴性菌的破壁难度差10倍不止!枯草芽孢杆菌这类硬骨头,需要溶菌酶+玻璃珠震荡双管齐下。这里有个省钱的骚操作:用0.1mm直径的氧化锆珠子,破壁效率比普通硅珠高3倍,但震荡时间要缩短到30秒/次,防止DNA断裂。

实测数据对比:

  • 传统热裂解法:得率15μg/mL 耗时2小时
  • 改良酶解法:得率82μg/mL 耗时45分钟
  • 超声破碎法:得率120μg/mL 但片段<500bp

??Q:为什么我的DNA总被蛋白污染???
A:八成是氯仿-异戊醇抽提时没充分乳化。教你们个绝招:混匀后对着光看分层界面,合格的乳液层应该占总体积1/3以上。要是分层太快,赶紧补加25:24:1的酚-氯仿-异戊醇。

??Q:不同样本能共用提取试剂盒吗???
A:血样用硅胶膜型,植物用磁珠型,细菌选超声辅助型。去年我用某品牌通用型试剂盒测大肠杆菌,结果核酸浓度仪显示200ng/μl,实际跑胶根本看不见条带——多糖干扰吸光值这事厂家可不会告诉你。

最新行业数据显示:53%的实验失败源于样本处理不当。最近发现个反常识现象:用65℃预热的TE缓冲液溶解DNA,稳定性比常温溶解高40%,特别是对GC含量高的样本效果显著。下次做PCR不妨试试看,说不定能解决你多年未解之谜。

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